Ja, entweder direkt im Inventar, oder in der Craftingbox. Es muss dasselbe Werkzeug sein und macht beim Reparieren bis zu +10% heil. Wenn du also zwei Hacken mit noch jeweils 30% 'Benutzbarkeit' hast und die reparierst, dann ist das Endergebnis eine Hacke mit 70% Benutzbarkeit.
Wichtig anzumerken ist noch, dass die Verzauberungen eines Werkzeugs beim Reparieren unwiederruflich verschwinden, auch wenn beide dieselbe Verzauberung haben.
Das ist alles, was ich darüber weiss, hier ist noch ein Link -->
http://www.minecraftwiki.net/wiki/Item_Repair falls du noch mehr wissen möchtest. ;D