Ja, entweder direkt im Inventar, oder in der Craftingbox. Es muss dasselbe Werkzeug sein und macht beim Reparieren bis zu +10% heil. Wenn du also zwei Hacken mit noch jeweils 30% 'Benutzbarkeit' hast und die reparierst, dann ist das Endergebnis eine Hacke mit 70% Benutzbarkeit.
Wichtig anzumerken ist noch, dass die Verzauberungen eines Werkzeugs beim Reparieren unwiederruflich verschwinden, auch wenn beide dieselbe Verzauberung haben.Das ist alles, was ich darüber weiss, hier ist noch ein Link -->
http://www.minecraftwiki.net/wiki/Item_Repair falls du noch mehr wissen möchtest. ;D